Алехандро Фернандо Аменабар Кантос родился в Сантьяго. Его отец был чилиец, а мать – испанка. Из-за политической ситуации в Чили вся его семья переехала в Испанию. В 1990-м году поступил на факультет информационных наук в Мадридский университет Комплутенсе. Но через некоторое время бросил его и начал снимать короткометражные фильмы. Уже в 1991-м году Алехандро получил премию Независимой ассоциации непрофессиональных кинодеятелей. Удостоился он этой премии за свою первую короткометражку под названием «Голова». А через год уже другой короткометражный фильм завоевал премии кинофестивалей в Карабанчеле и Эльче. В 1994-м году его третья по счету короткометражная картина, которая называлась «Луна», за лучший сценарий получила премию Луиса Гарсии Берланги, а также за лучшую музыку – Награду Независимой ассоциации непрофессиональных кинодеятелей.
Самым первым полнометражным фильмом Аменабара был – «Дисертация». Эта картина имела не малый успех. У себя на родине она получила семь премий Гойя, в том числе и за оригинальный сценарий, режиссерский дебют и за лучший фильм.
Второй полнометражной работой этого режиссера был фильм «Открой глаза». Сценарий этого фильма очень понравился известному актеру Тому Крузу, который позже выкупил права на сценарий этой картины и снялся в фильме «Ванильное небо», который был основан на этом сценарии.
Еще несколько работ Аменабара снял совместно с Томом Крузом. К примеру, фильм «Другие» - стал самым популярным в Испании, а также имел огромный успех по всему миру.